工程训练中心下设三个科室：综合办公室、教育培训部以及创新发展部。
综合办公室主要负责中心的党政工作以及对外交流等相关工作；
教育培训部主要承接校内外实习实训、思政实践以及其他实践教学等工作；
创新发展部主要负责创新团队、学科竞赛以及中心科技研发等相关工作。
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